Komisijos ir darbo grupės

FNTT tarnautojų veiklos etikos komisija 
Komisijai pavesta nagrinėti FNTT prie VRM valstybės tarnautojų etikos pažeidimus.
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2018-08-24 įsakymu Nr. V-178 (su vėlesniais pakeitimais). 

Viešojo pirkimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2019-01-15 įsakymu Nr. V-14 (su vėlesniais pakeitimais).

FNTT valstybės tarnautojų tarnybinės veiklos vertinimo komisija 
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2023-03-01 įsakymu Nr. V-29.​

Tarnybos pareigūnų, valstybės tarnautojų, darbuotojų ir kitų asmenų skatinimo ir apdovanojimo komisija (1 metams)
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2023-10-24 įsakymu Nr. V-191.​

Individualių tarnybinių ginčių nagrinėjimo komisija (2 metams) 
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2020-10-01 įsakymu Nr. V-160 (su vėlesniais pakeitimais).

Pareigūnų tarnybinės veiklos vertinimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2023-03-01 įsakymu Nr. V-28.  

Konvojavimo, specialiųjų priemonių bei šaunamųjų ginklų panaudojimo tvarkos, jų techninių taktinių charakteristikų ir saugos reikalavimų įskaitų priėmimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2023-08-24 įsakymu Nr. V-128.

Priemokų skyrimo Tarnybos darbuotojams nagrinėjimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2022-09-07 įsakymas Nr. V-203 (su vėlesniais pakeitimais).

Nuolatinė FNTT direktoriaus skiriamų valstybės tarnautojų prašymų leisti dirbti kitą darbą ir informacijos nagrinėjimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2020-10-01 įsakymu Nr. V-157 (su vėlesniais pakeitimais).

Nuolatinė FNTT specialioji ekspertų komisija
Tinkamai įslaptintos informacijos bei kriminalinės žvalgybos informacijos apsaugai koordinuoti, įslaptintos informacijos administravimo klausimams spręsti, informacijos įslaptinimui pagrįsti.
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2016-02-12 įsakymas Nr. V-34 (su vėlesniais pakeitimais).

Nuolatinė Komisija įvertinti, ar atliekami prekių, paslaugų ir darbų pirkimai yra susiję su kriminaline žvalgyba
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2015-07-07 įsakymo Nr. V-161 (su vėlesniais pakeitimais).

Nuolatinė pareigūnų laikino nedarbingumo ryšio su tarnybinių pareigų atlikimu nustatymo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2021-04-08 įsakymu Nr. V-55.

FNTT pareigūnų fizinio pasirengimo tikrinimo bei atitikties papildomiems reikalavimams, susijusiems su fiziniais ir praktiniais gebėjimais eiti tam tikras pareigas tam tikruose Tarnybos padaliniuose, vertinimo komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2018-09-13 įsakymu Nr. V-190.

FNTT terminijos komisija
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2004-10-27 įsakymu Nr. 71-V (su vėlesniais pakeitimais).

Duomenų priežiūros kontrolės komisija
Komisijai pavesta užtikrinti vidaus reikalų informacinės sistemos centrinio duomenų banko duomenų priežiūrą.
Komisija sudaryta FNTT direktoriaus 2014-04-16 Nr. V-80.