FNTT vykdo pinigų plovimo ir teroristų finansavimo prevencijos priemones, kuriomis siekiama kurti efektyvią nacionalinę pinigų plovimo prevencijos sistemą ir užtikrinti jos tinkamą funkcionavimą, bei atlieka ikiteisminį tyrimą dėl nusikalstamu būdu gauto turto legalizavimo.
FNTT yra pagrindinė valstybės institucija, koordinuojanti visų pinigų plovimo prevenciją vykdančių institucijų bendradarbiavimą.
Pagrindinis FNTT padalinys, atliekantis pinigų plovimo prevenciją ir analizę, yra Pinigų plovimo prevencijos valdyba, kuri pagal kompetenciją:
renka ir registruoja informaciją apie kliento pinigines operacijas ir sandorius bei apie klientą, atliekantį šias operacijas ir sandorius;
kaupia, analizuoja ir skelbia informaciją, susijusią su pinigų plovimo ir teroristų finansavimo prevencijos priemonių įgyvendinimu;
teikia teisėsaugos ir kitoms valstybės institucijoms informaciją apie kliento pinigines operacijas ir sandorius;
teikia finansų įstaigoms ir kitiems subjektams informaciją apie galimo pinigų plovimo ir teroristų finansavimo bei įtartinų ar neįprastų piniginių operacijų ar sandorių atpažinimo kriterijus;
informuoja finansų įstaigas ir kitus subjektus, teisėsaugos ir kitas valstybės institucijas apie jų pranešimų apie įtartinas ar neįprastas pinigines operacijas ir sandorius, apie pastebėtus galimo pinigų plovimo ir teroristų finansavimo požymius ar šio įstatymo pažeidimus, analizės ir tyrimų rezultatus;
vertina galiojančius teisės aktus ir teikia išvadas dėl jų tobulinimo, vadovaudamasis tarptautiniais standartais ir rekomendacijomis.