Istorija

1997 m. vasario 4 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 90 buvo įsteigtas Mokesčių policijos departamentas prie Vidaus reikalų ministerijos. Įsteigus Mokesčių policijos departamentą, jo esminiai uždaviniai buvo: aiškinti ir tirti veikas, susijusias su mokesčių mokėtojų apgaulingu ir aplaidžiu apskaitos tvarkymu, neteisingų duomenų apie pajamas ir pelną teikimu, mokesčių ir valstybinio socialinio draudimo įmokų vengimu, nustatyta tvarka patvirtintų ataskaitų nepateikimu, neteisėtomis finansinėmis operacijomis ir kitais su mokesčiais, finansais ir valstybiniu socialiniu draudimu susijusiais nusikaltimais ir pažeidimais. Mokesčių policijai buvo pavesta tirti mokesčių administratorių bei valstybinio socialinio draudimo fondo įstaigų darbuotojų piktnaudžiavimo tarnyba, tarnybos įgaliojimų viršijimo, pareigų neatlikimo faktus ir kitus pažeidimus, susijusius su mokesčiais ir valstybinio socialinio draudimo įmokomis.

Nuo 1998 m. sausio mėn., įsigaliojus Lietuvos Respublikos pinigų plovimo prevencijos įstatymui, Mokesčių policijos departamentui pavesta įgyvendinti pinigų plovimo prevencijos priemones.

2002 m. balandžio 1 d. įsigaliojo Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos įstatymas. Pagal šį įstatymą Mokesčių policijos departamentas pertvarkytas į Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybą. FNTT buvo nustatytos naujos, labiau valstybės finansų apsaugai specializuotos funkcijos. Pertvarkai nepasibaigus, 2002 m. liepos 1 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Revizijų departamentas, pavaldus Finansų ministerijai, buvo prijungtas prie FNTT. Šiais struktūriniais pokyčiais buvo išspręsta mokesčių administravimo sistemos institucijų revizijų ir kvotos funkcijų dubliavimo problema, nustatyti specialūs, t. y. skirti tiesiogiai valstybės finansų apsaugos funkcijai vykdyti, tarnybos pareigūnų įgaliojimai.

2002 m. gegužės 24 d. FNTT, įgyvendinant Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimą, paskirta Lietuvos institucija, atsakinga už bendradarbiavimą su Europos kovos su sukčiavimu tarnyba (OLAF).

2003 m. gegužės 1 d. įsigaliojo naujieji Lietuvos Respublikos baudžiamasis ir Lietuvos Respublikos baudžiamojo proceso kodeksai. Įgyvendinant jų nuostatas, 2003 m. atliktas FNTT pertvarkymas į ikiteisminio tyrimo įstaigą, parengti dokumentai, detalizuojantys LR BK bei LR BPK vykdymą ir nustatantys FNTT atitinkamų veikos sričių tvarkas: ikiteisminio tyrimo, ūkinės finansinės veiklos objektų tyrimo bei specialisto išvados pateikimo, FNTT patikrinimų, atliekamų įgyvendinant Europos Sąjungos finansinių interesų apsaugą, organizavimo ir kt.

2005 m. vasario 22 d. FNTT įsteigtas Neteisėtos paramos panaudojimo tyrimo skyrius. Šiam skyriui pavesta atskleisti ir tirti nusikalstamas veikas ir kitus pažeidimus, susijusius su neteisėtu Europos Sąjungos paramos fondų lėšų gavimu ir panaudojimu, atlikti šių pažeidimų prevenciją, taip pat rinkti, kaupti, analizuoti ir apibendrinti informaciją apie ES ir užsienio valstybių finansinės paramos lėšų neteisėtą gavimą ir panaudojimą.

2010 m. rugpjūčio 16 d. Muitinės ir Policijos departamentų, Valstybės sienos apsaugos ir Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybų vadovai pasirašė bendrą įsakymą, kuriuo prie Kriminalinės informacijos analizės centro (KIAC) veiklos prisijungė FNTT. Atlikdama nusikalstamų grupuočių ar asmenų, užsiimančių prekyba žmonėmis, narkotikais, nelegalia migracija, kontrabanda bei kitais sunkiais nusikaltimais, generuojančiais didžiausias pajamas, tyrimus, FNTT teikia Kriminalinės informacijos analizės centrui duomenis apie įtartinas finansines operacijas, kurios gali būti susijusias su minėtomis nusikalstamomis veikomis, bei prisideda prie šių nusikalstamų veikų tyrimo, atlikdama nusikalstamu būdu gautų pajamų paiešką bei nustatymą.

2010 m. gruodžio 22 d. bendru FNTT direktoriaus ir Valstybinės mokesčių inspekcijos viršininko įsakymu įsteigtas Rizikos analizės centras (RAC). Rizikos analizės centro tikslas – efektyviau panaudoti institucijų kaupiamus duomenis, patirtį ir kompetenciją keičiantis duomenimis ir analizuojant su įvairiais pažeidimais bei nusikalstamomis veikomis, darančiomis neigiamą įtaką ar žalą valstybės finansų sistemai bei mokesčių surinkimui, susijusią informaciją, nustatant grėsmes valstybės finansų sistemai ir mokesčių surinkimui bei organizuojant jų užkardymą ir tyrimą. Įsteigtame Rizikos analizės centre bendrai dirba dviejų institucijų atstovai.

Po 2011 m. kovo 1 d. įvykusios FNTT pertvarkos vietoj šalies apskrityse buvusių 20 padalinių penkių apygardų principu ėmė veikti ir iki šiol veikia Vilniaus, Kauno, Klaipėdos, Šiaulių ir Panevėžio teritorinės valdybos. Kiekvieną FNTT teritorinę apygardos valdybą sudaro du skyriai – Nusikalstamų veikų tyrimo ir Ūkinės finansinės veiklos tyrimo. FNTT centrinį padalinį po pertvarkos sudarė Analizės ir prevencijos, Specialiųjų užduočių ir Administravimo valdybos. Be to, siekiant užtikrinti korupcinio pobūdžio nusikalstamų veikų rizikos mažinimą, įsteigtas Imuniteto ir kontrolės skyrius.  

2013 metais, atsižvelgiant į pinigų plovimo ir teroristų problemos aktualumą, „Moneyval“ komiteto (Europos Tarybos Ekspertų komitetas dėl priemonių, nukreiptų kovai su pinigų plovimu bei teroristu finansavimu) rekomendacijas ir į tai, kad nuo 2014 metų Lietuvą pasiekia gerokai didesnė negu ankstesniais finansavimo periodais Europos Sąjungos finansinės paramos lėšų suma, FNTT įsteigti specializuoti padaliniai – Pinigų plovimo prevencijos ir Neteisėtos paramos prevencijos ir tyrimo valdybos.