FNTT atskleidžia ir tiria nusikalstamas veikas, susijusias su Europos Sąjungos ir užsienio valstybių finansinės paramos lėšų gavimu ir panaudojimu, įgyvendina prevencines priemones, užkertančias kelią Europos Sąjungos ir užsienio valstybių finansinės paramos lėšų pasisavinimui ir iššvaistymui.
Pagrindinis FNTT padalinys, atsakingas už minėtą FNTT veiklos sritį, yra Neteisėtos paramos prevencijos ir tyrimo valdyba, kuri pagal kompetenciją vykdo šias funkcijas:
FNTT aktyviai dalyvauja Europos Sąjungos paramos valdymo ir kontrolės sistemos veikloje. Neteisėtos paramos prevencijos ir tyrimo valdyba organizuoja Pažeidimų kontrolierių grupės posėdžius, kurių metu apsikeičiama gerąja patirtimi, sprendžiami aktualūs klausimai, kilusios problemos.
Neteisėtos paramos prevencijos ir tyrimo valdyba, siekdama stiprinti Europos Sąjungos paramos valdymo ir kontrolės sistemos institucijų kompetenciją, organizuojamuose renginiuose aktyviai dalijasi informacija apie nusikalstamų veikų tendencijas, naujai nustatytus mechanizmus, siūlo prevencines priemones.
Neteisėtos paramos prevencijos ir tyrimo valdybos veiklos prioritetai: